Utöver förhandsregistrering i ETIAS effektiviseras övervakningen av inresa med hjälp av in- och utresesystemet EES (Entry-Exit System). Syftet med EES är att göra gränskontrollerna smidigare och att förbättra identifieringen av personer vid de yttre gränserna. Samtidigt underlättas identifieringen av tredjelandsmedborgare som vistas i Schengenområdet på övertid och bekämpningen av terrorism och allvarlig brottslighet effektiviseras. Benämningen Smarta gränser avser automatik och ny teknik som införs i gränskontrollerna. 

I EES registreras gränsöverskridningar vid EU:s yttre gränser och med hjälp av informationen försöker man identifiera personer som olagligt anländer till eller olagligt i Schengenområdet. I fortsättningen används ansiktsbild och/eller fingeravtryck för att identifiera personer och myndigheterna har möjlighet att se uppgifterna i registret inom ramen för sina behörigheter. 

I in- och utresesystemet lagras maskinläsbara uppgifter om pass, uppgifter om in- och utresor och vistelser, uppgifter om gränsövergångsstället samt biometriska uppgifter, dvs. ansiktsbild och fingeravtryck. Man kommer att frångå stämpling av pass efter en kort övergångsperiod. Med hjälp av en separat e-tjänst kan tredjelandsmedborgare också själva kontrollera hur mycket uppehållsrätt de har kvar i Schengenområdet.

Avsikten är att EES-systemet ska tas i bruk enligt nuvarande planer i maj 2022. Det handlar om ett system som används över Schengengränserna, vilket kräver att nästan 2 000 gränsövergångsställen utrustas. De ändringar som krävs syns redan nu bl.a. på Helsingfors-Vanda flygplats som självbetjäningskiosker för resenärer. Med hjälp av systemet utförs årligen cirka 200–300 miljoner gränskontroller inom EU.