В дополнение к системе предварительной регистрации ETIAS пограничный контроль будет усилен за счет системы данных о пересечении границы EES (Entry-Exit System, Система контроля пересечения границ). Задача EES заключается в обеспечении беспрепятственного пограничного контроля и улучшении процедуры идентификации прибывающих лиц на внешних границах. Это поможет упростить идентификацию граждан третьих стран, нарушающих сроки своего пребывания на территории Шенгенской зоны, а также усилить борьбу с преступностью и терроризмом. Название «Умные границы» ссылается на системы автоматизации и новые технологии, которые будут использоваться для пограничного контроля.

Система EES будет использоваться для регистрации пересечения внешних границ ЕС, и данные будут использоваться для идентификации лиц, незаконно въезжающих или уже пребывающих на территории Шенгенской зоны. В дальнейшем для идентификации будут использоваться изображение лица и/или отпечатки пальцев, и у официальных органов будет возможность просматривать данные реестра в пределах своего уровня доступа. 

В системе контроля пересечения границ будут сохраняться данные электронного чипа паспорта, сведения о пересечении границы и пребывании на территории страны, сведения о пункте пропуска, а также биометрические данные, то есть изображение лица и отпечатки пальцев. Вскоре после перехода на новую систему, штампы в паспорт больше не будут ставиться. С помощью отдельного онлайн-сервиса граждане третьих стран смогут самостоятельно проверять свои сроки пребывания на территории Шенгенской зоны.

По текущим планам система EES будет предположительно введена в эксплуатацию в мае 2022 года. Речь идет о системе, которая будет использоваться на внешних границах всей Шенгенской зоны, что подразумевает переоборудование почти 2000 пунктов пропуска. Изменения уже внедряются, в том числе, в аэропорту Хельсинки-Вантаа в форме киосков самообслуживания для пассажиров. С помощью этой системы на территории ЕС ежегодно будет осуществляться от 200 до 300 млн проверок на границе.