ETIAS-ennakkorekisteröitymisen lisäksi maahantulon valvontaa tehostetaan rajanylitystietojärjestelmä EES:n (Entry-Exit System) :n avulla. EES:n tavoitteena on sujuvoittaa rajatarkastuksia ja parantaa henkilöiden tunnistamista ulkorajoilla. Samalla helpotetaan Schengen-alueella yliajalla oleskelevien kolmansien maiden kansalaisten tunnistamista ja tehostetaan terrorismin ja vakavan rikollisuuden torjuntaa. Älykkäät rajat – nimitys viittaa automatiikkaan ja uuteen teknologiaan, jota rajatarkastuksissa otetaan käyttöön. 

EES: iin rekisteröidään rajanylityksiä EU:n ulkorajoilla ja tietojen avulla pyritään tunnistamaan Schengen-alueelle sääntöjenvastaisesti saapuvia tai siellä jo  oleskelevia  henkilöitä. Jatkossa henkilöiden tunnistamisessa hyödynnetään kasvokuvaa ja/tai sormenjälkiä ja viranomaisilla on mahdollisuus nähdä rekisteriin syötetyt tiedot käyttöoikeuksiensa rajoissa. 
Rajanylitystietojärjestelmään tallennetaan koneluettavat tiedot passista, tiedot rajanylityksistä ja oleskelusta, rajanylityspaikan tiedot sekä biometriset tiedot eli kasvokuva ja sormenjäljet Passien leimaamisesta luovutaan lyhyen siirtymäajan jälkeen. Erillisen verkkopalvelun avulla kolmansien maiden kansalaiset pystyvät myös itse tarkistamaan, kuinka paljon heillä on jäljellä oleskeluoikeutta Schengen-alueella.

EES-järjestelmä on tarkoitus ottaa käyttöön tämänhetkisten suunnitelmien mukaan toukokuussa 2022. Kyse on kaikkialla Schengenin ulkorajoilla käytettävästä järjestelmästä, joka edellyttää lähes 2 000 rajanylityspaikan varustamista. Sen edellyttämät muutokset näkyvät jo nyt mm. Helsinki-Vantaan lentokentällä matkustajien itsepalvelukioskeina. Järjestelmän avulla tehdään vuosittain EU:n alueella noin 200 – 300 miljoonaa rajatarkastusta.