Kaakkois-Suomen rajavartioston alueella sijaitsevat itärajan kolme suurinta kansainvälistä rajanylityspaikkaa: Nuijamaa (3 miljoonaa rajanylitystä vuodessa), Vaalimaa (2,4 miljoonaa rajanylitystä vuodessa) ja Imatra (1,5 miljoonaa rajanylitystä vuodessa). Lisäksi Vainikkalassa (0,5 miljoonaa rajanylitystä vuodessa) on ainut Suomen ja Venäjän välinen henkilöliikenteen rautatierajanylityspaikka ja Parikkalassa tilapäinen rajanylityspaikka. Kaakkois-Suomen rajavartiosto vastaa rajatarkastuksista myös Saimaan kanavan osalta Nuijamaan ja Lappeenrannan satamissa sekä alueensa lentokentillä. 

Rajavartioston toiminnan painopiste on kansainvälisillä rajanylityspaikoilla ja niiden välittömässä läheisyydessä. Kaikkien matkustajien maahantulo- ja maastapoistumisedellytykset tarkastetaan, ja rajatarkastuksilla pyritään laittoman maahantulon ehkäisyyn. 

Rajanylityspaikkojen välinen maastoraja valvotaan rajapartioilla, joilla on apunaan rajakoiria varsinkin sulan maan aikana. Osa maastorajasta on teknisesti valvottua.