Kaakkois-Suomen rajavartioston alueella sijaitsevat itärajan kolme suurinta kansainvälistä rajanylityspaikkaa: Nuijamaa, Vaalimaa ja Imatra. Lisäksi Vainikkalassa on ainut Suomen ja Venäjän välinen henkilöliikenteen rautatierajanylityspaikka ja Parikkalassa tilapäinen rajanylityspaikka. Kaakkois-Suomen rajavartiosto vastaa rajatarkastuksista myös Saimaan kanavan osalta Nuijamaan ja Lappeenrannan satamissa sekä alueensa lentokentillä. 

Rajavartioston toiminnan painopiste on kansainvälisillä rajanylityspaikoilla ja niiden välittömässä läheisyydessä. Kaikkien matkustajien maahantulo- ja maastapoistumisedellytykset tarkastetaan, ja rajatarkastuksilla pyritään laittoman maahantulon ehkäisyyn. 

Rajanylityspaikkojen välinen maastoraja valvotaan rajapartioilla, joilla on apunaan rajakoiria varsinkin sulan maan aikana. Osa maastorajasta on teknisesti valvottua.