Pohjois-Karjalan rajavartiostoa johtaa komentaja, jonka alaisuuteen kuuluvat apulaiskomentajan johtama esikunta sekä vartiopäälliköiden johtamat rajavartioasemat, rajatarkastusasema ja Rajajääkärikomppania. Rajavartioasemia on kolme: Tohmajärvi, Ilomantsi ja Lieksa. Niiralan rajatarkastusasema vastaa rajatarkastuksista Niiralan rajanylityspaikalla.

Esikunta

Rajavartioston esikunta avustaa komentajaa rajavartioston johtamisessa ja hallinnossa, huolehtii päätösten mukaisesta suunnittelusta ja käskyttämisestä sekä valvoo ja tukee yksiköiden toimintaa. Rajavartioston esikunta pitää Rajavartiolaitoksen esikunnan tietoisena rajatilanteesta sekä pitää yhteyttä toimialueensa muihin viranomaisiin ja yhteisöihin. Esikuntaan kuuluvat apulaiskomentajan johdolla henkilöstötoimisto, rajatoimisto ja johtokeskus.

Rajatoimisto vastaa operatiivisista asioista ja hoitaa lakisääteisiin tehtäviin - rajavalvontaan, rajatarkastuksiin, pelastustoimintaan ja sotilaalliseen maanpuolustukseen sekä kansainväliseen yhteistoimintaan liittyviä asioita.

Henkilöstötoimisto vastaa tukitoiminnoista, jotka liittyvät henkilöstöä ja asevelvollisia koskeviin asioihin sekä tiedottamiseen.

Johtokeskus vastaa rajavartioston operatiivisesta kenttätoiminnasta.

Rajajääkärikomppania

Rajajääkärikomppania antaa varusmiespalvelustaan suorittaville asevelvollisille sotilaskoulutusta ja osallistuu tarvittaessa muiden Rajavartiolaitokselle säädettyjen tehtävien hoitoon. Rajajääkärikomppanian päällikkö johtaa komppaniaa ja vastaa yksikkönsä koulutuksesta, valmiudesta ja hallinnosta.

Rajavartioasemat

Rajavartioasemat vastaavat komentajan ja esikunnan hyväksymien periaatteiden mukaisesti toiminnasta paikallistasolla myös muiden viranomaisten kanssa.