Kainuun rajavartioston komentaja on eversti Mika Rytkönen, jonka alaisuudessa toimii apulaiskomentajan johtama esikunta Kajaanissa sekä viisi rajavartioaseman päällikön johtamaa rajavartioasemaa. Esikuntaan Kajaanissa kuuluu rajatoimisto, henkilöstötoimisto ja johtokeskus.

Rajavartioasemat sijaitsevat Kuusamossa, Kortesalmella, Suomussalmella, Vartiuksessa ja Kuhmossa. Yhteensä Kainuun rajavartiostossa työskentelee noin 200 henkilöä. Tämän lisäksi työskentelee Kajaanissa Rajavartiolaitoksen esikunnan alaisuudessa teknistä ja hallintohenkilökuntaa.